Masa pendudukan Tentara Salib (Franks) atas Kota Yerusalem merupakan salah satu periode terburuk dan paling menyedihkan yang dialami Kota Baitul Maqdis secara umum, dan Masjid Al-Aqsha secara khusus, sejak penaklukan Islam pada tahun 16 H/636 M.

Yerusalem berada di bawah pendudukan tersebut selama 88 tahun (1099–1187 M), di mana kaum Muslimin dilarang melaksanakan salat di dalamnya, dan masjid itu diubah menjadi markas pasukan Salib yang datang dari Eropa.

Pasukan Salib berangkat dari Eropa dengan dorongan para tokoh agama, dengan dalih “membebaskan” makam suci dari tangan kaum Muslimin. Namun, tujuan ekonomi dan ambisi kolonial para pemimpin ekspedisi itu terlalu jelas untuk disembunyikan oleh klaim-klaim religius tersebut. Pasukan Salib menyerbu wilayah Islam yang saat itu terpecah-belah oleh perselisihan antar kerajaan dan emirat, dipimpin oleh para bangsawan dan kesatria Eropa.

Setelah merebut sejumlah kota di wilayah Syam dan mendirikan negara-negara Salib, pasukan ini tiba di Kota Baitul Maqdis yang saat itu berada di bawah kekuasaan Fatimiyah. Mereka mengepung kota itu selama 40 hari hingga berhasil menaklukkannya pada tahun 492 H/1099 M. Menurut catatan para sejarawan Salib sendiri, selama tiga hari penuh mereka membunuh setiap orang di kota itu, baik penduduk asli maupun orang-orang yang mencari perlindungan di sana, hingga jalan-jalan dipenuhi mayat dan darah, yang oleh sebagian sumber diperkirakan mencapai sekitar 70 ribu korban, sehingga sulit untuk melangkah di jalan-jalan kota.

Masjid Al-Aqsha pun menjadi saksi babak paling mengerikan dari serangan Tentara Salib itu, ketika ribuan penduduk berlindung di dalamnya dengan harapan kesucian masjid akan melindungi mereka. Namun, para penyerang membantai mereka di dalam masjid. Banyak sumber, baik Islam maupun Salib, yang mencatat peristiwa ini. Dalam kitab Gesta Francorum (Aksi Kaum Frank), sejarawan kontemporer Perang Salib Pertama menulis:

“…[Pasukan Salib] membunuh dan menyembelih hingga ke Kuil Sulaiman [Masjid Al-Aqsha], di mana terjadi pembantaian besar, dan kaki para prajurit kami terendam darah hingga mata kaki.”

Sejarawan Salib lain, Raymond de Aguilers, dalam bukunya The Franks Who Captured Jerusalem menulis bahwa pembantaian yang terjadi di jalan-jalan kota “tidak sebanding dengan yang terjadi di Kuil Sulaiman [Al-Aqsha] tempat ibadah biasanya dilaksanakan. Apa yang terjadi di sana? Jika aku mengatakan yang sebenarnya, kalian tidak akan mempercayainya. Jadi, cukup kukatakan ini: kaki para prajurit [Salib] terendam darah hingga lutut mereka dan bahkan hingga tali kekang kuda. Sesungguhnya, menurut mereka, itu adalah ‘kehendak Tuhan’ yang memenuhi tempat itu dengan darah orang-orang kafir [Muslim], karena dianggap telah lama ‘mengingkari’ Tuhan. Kota itu penuh dengan mayat dan darah.”

Dalam Sejarah Ekspedisi ke Yerusalem, sejarawan Salib kontemporer Fulcher dari Chartres menulis:

“Sebagian lainnya melarikan diri ke Kuil Tuhan dan Kuil Sulaiman. Terjadi pertempuran besar di halaman dan serambi kuil, dan mereka tidak mampu melarikan diri dari prajurit kami. Banyak yang melarikan diri ke atap Kuil Sulaiman, namun dihujani panah hingga tewas. Sekitar 10 ribu orang terbunuh di kuil itu. Jika engkau berada di sana, engkau akan melihat kaki kami terlumuri darah hingga mata kaki. Tidak seorang pun dibiarkan hidup. Perempuan dan anak-anak pun dibantai.”

Fulcher juga mencatat bahwa panglima Salib “Tancred” menjarah emas, perak, dan batu mulia dalam jumlah besar dari Masjid Al-Aqsha.

Sejarawan Muslim Ibnu al-Atsir dalam catatan tahun 492 H menulis:

“Kaum Frank membunuh di Masjid Al-Aqsha lebih dari 70 ribu orang, di antaranya banyak imam, ulama, ahli ibadah, dan orang-orang saleh yang meninggalkan tanah air untuk beribadah di tempat suci tersebut.”

Ia juga menjelaskan barang-barang berharga yang diambil dari masjid, termasuk dari Kubah Batu yang dirampas lebih dari 40 lampu gantung perak, masing-masing seberat 3.600 dirham; 150 lampu kecil dari perak; lebih dari 20 lampu dari emas; dan harta lainnya yang tak terhitung jumlahnya.

Pasukan Salib memaksa orang-orang yang masih hidup untuk membersihkan jalan-jalan kota dari mayat, termasuk halaman Masjid Al-Aqsha. Setelah itu, mereka mengubah fungsi dan bentuk masjid:

• Raja Salib Yerusalem, Baldwin, menjadikan ruang salat utama (Masjid Qibli) sebagai istana.
• Ketika ia pindah, ruang itu diserahkan kepada Ksatria Templar (disebut juga Knights Templar) yang kemudian mengubahnya menjadi gereja, tempat tinggal, gudang, dan kantor.
• Kubah Batu diubah menjadi gereja bernama “Gereja Kudus dari Segala Kudus” dengan simbol-simbol Kristen dan salib emas besar di puncaknya.
• Ruang bawah tanah Masjid Al-Aqsha (Masjid Marwani) dijadikan kandang kuda oleh Ksatria Templar, yang menamainya “Stables of Solomon” (Istal Sulaiman).
• Kubah Rantai diubah menjadi gereja.
• Mereka berusaha membangun gereja di halaman masjid namun tidak selesai.
• Bagian barat masjid dijadikan gudang senjata dan perbekalan.

Pada masa itu, para pendeta Salib bahkan memotong bagian dari Batu Suci di Kubah Batu dan menjualnya kepada para peziarah dengan harga emas seberatnya, sampai akhirnya seorang raja mereka memerintahkan agar batu itu dilapisi marmer dan diberi pagar besi untuk mencegah hilangnya batu akibat perdagangan ini.

Kondisi menyedihkan ini berlangsung hampir 90 tahun, hingga Sultan Shalahuddin al-Ayyubi dan para mujahid berhasil membebaskan Masjid Al-Aqsha pada tahun 583 H/1187 M, mengembalikan kesuciannya dan fungsinya sebagai masjid umat Islam.